Arrivés au rang Genin, les ninjas se voient répartis en petit groupe de 3 conduits par un ninja expérimenté de rang Juunin. C'est alors que l'apprentissage ninja commence réellement et le début des liens affectifs entre ninja se creusent.
C'est un stade primordial qui est bien souvent le facteur primaire à la création de la véritable voie du ninja !

Les équipes :

Equipe Shodaime - Nidaime

Sensei : Shodaime, Nidaime
Elèves : Homura, Koharu et Sarutobi
Leader : Sarutobi
Village : Konoha

Description : C'est l'équipe la plus ancienne qui est connue jusqu'à présent. Cette équipe est dirigée par Shodaime et Nidaime, leurs élèves sont Homura, Koharu et Sarutobi. Les membres de cette équipe sont tous de sages et valeureux ninjas qui ont trouvés leur place dans le conseil de Konoha pour Homura et Koharu, et sur le siège du Hokage pour Sarutobi.

Equipe Sandaime

Sensei : Sandaime
Elèves : Jiraiya, Orochimaru, Tsunade
Leader : Orochimaru
Village : Konoha

Description : C'est l'équipe qui fut la plus puissante de toute l'histoire de Konoha, elle est composé de trois puissants ninjas dont une Kunoichi : Jiraiya, Orochimaru, Tsunade. Ce sont ces trois ninjas qui furent appellés plus tard les "Trois Sannins Légendaires".
La relation entre Jiraiya et Orochimaru rappelle fortement celle entre Naruto et Sasuke.

Equipe Orochimaru

Sensei : Orochimaru
Elèves : Anko
Village : Konoha

Description : Elle est la seule et unique véritable élève d'Orochimaru. Il lui a enseigné la plupart de ses techniques et lui a aussi infligé le sceau maudit. Depuis, Anko hait et craint Orochimaru très profondément.

Equipe Tsunade

Sensei : Tsunade
Elèves : Shizune
Village : Konoha

Description : Tsunade ne possède qu'une seule élève tout comme Orochimaru. Elle a appris à Shizune la plupart de ses techniques médicales.

Equipe Jiraiya

Sensei : Jiraiya
Elèves : Yondaime et deux autres inconnus
Leader : Yondaime
Village : Konoha

Description : Contrairement au deux autres Sannins, Jiraiya disposait de trois élèves, dont Yondaime qui sera considéré comme le plus puissant de tous les Hokage.

Equipe Yondaime

Sensei : Yondaime
Elèves : Kakashi, Obito, Rin
Leader : Kakashi
Village : Konoha

Description : Une équipe dirigée par le fameux Yondaime, comportant Kakashi, un modèle de rigueur, Obito, le Uchiha maladroit, et Rin, une kunoichi médecin. Cette équipe apparaît durant la saga Kakashi Gaiden.

Equipe Shikato (trio InoShikaCho)

Sensei : Inconnu
Membres : Shikato, Inoshi et Chomaru
Leader : Shikato
Village : Konoha

Description : Le célèbre trio de Juunin, InoShikaCho. Ce sont les parents de Ino, Shikamaru et Choji.

Division Konohamaru

Senseis : Iruka (leur professeur à l'académie) et Naruto
Elèves : Konohamaru, Udon et Moegi
Leader : Konohamaru
Village : Konoha

Description : Un groupe de camarades étudiants à l'académie formé par Konohamaru qui ne se quittent jamais et aiment "jouer" au ninja. Naruto est leur modèle.

Equipe n°7

Sensei : Kakashi
Elèves : Naruto, Sakura et Sasuke
Leader : Sasuke
Village : Konoha

Description : C'est l'équipe principale de l'histoire, elle est composé du jeune réceptacle du démon renard : Naruto, le ninja le plus imprévisible du village, Sasuke, le survivant du clan Uchiha, et Sakura, qui ne sert à vrai dire à rien, ainsi que le célèbre Hatake Kakashi, le ninja copieur. Il y a une forte rivalité entre Naruto et Sasuke, mais qui plus tard se transformera en une amitié plutôt complexe.

Equipe n°8

Sensei : Kurenai
Elèves : Hinata, Kiba et Shino
Leader : Shino
Village : Konoha

Description : Equipe neutre comportant de bons ninjas venant de 3 clans différents, le clan Hyuuga, le clan Inuzuka et le clan Aburame. L'entente dans ce groupe est assez sereine, à part Kiba qui se prend pour le leader ! Cette équipe est dirigé par Kurenai.

Equipe n°10

Sensei : Asuma
Elèves : Shikamaru, Ino et Chôji
Leader : Shikamaru
Village : Konoha

Description : Voila la nouvelle génération du trio Ino-Shika-Cho. Ayant pour sensei Asuma, cette équipe ne semble pas vraiment aimer la vie de Ninja : Chôji qui mange tout le temps, Ino qui ne se bat jamais et enfin Shikamaru qui aimerait être libre comme les nuages, malgré son intelligence : plus de 200 de Q.I !

Equipe Gai

Sensei : Gai
Elèves : Neji, Rock Lee et Tenten
Leader : Neji
Village : Konoha

Description : Equipe spécialisée dans le Taijutsu et dirigée par Gai, composée de deux rivaux, Rock Lee et Neji. L'élève favori de de Gai est Lee, malgré que le surdoué Neji du clan Hyuuga soit présent, tout comme Kakashi avec Sasuke. Mais ce n'est pas tout, Gai est aussi l'éternel rival de Kakashi. Cette équipe est plus agée d'un an par rappot aux autres équipes de genins de Konoha.

Equipe Baki

S

ensei : Baki
Elèves : Gaara, Temari et Kankurô
Leader : Gaara
Village : Suna

Description : Une puissante équipe de Suna no kuni qui sort de l'ordinaire. En effet, Gaara, l'enfant-démon, est craint par tous les membres de l'équipe : Temari, sa soeur, Kankurô, son frère, et même Baki, leur sensei !
Au début ennemis de Konoha, ils deviendront par la suite de précieux alliés, puisqu'ils sauveront Shikamaru, Kiba et Lee dans leurs combats contre les Quatre du Son.

Equipe Orochimaru (Examen Chuunin)

Sensei : Orochimaru (autre apparence)
Elèves : Zaku, Dosu et Kin
Leader : Dosu
Village : Oto

Description : Des genins d'Oto no kuni qui auraient tendance à faire du "chacun pour soi", mais le fait qu'ils soient en mission pour Orochimaru, qu'ils respectent et craignent, les soudent. Néanmoins ils sembles habitués à agir ensemble et se soutiennent. Même s'ils sont prêts au sacrifice de l'un d'eux pour le bien de la mission.
Les styles de combats des membres de l'équipe sont très particuliers : Dosu produit des ultras sons avec son bras de métal, Kin atteint l'oreille interne de ses adversaires avec sa clochette, et Zaku provoque des rafales de vent grâce à des orifices dans ses paumes.
L'attitude d'Orochimaru envers eux est loin de leur être enviable : ce sont de simples marionnettes ; il sacrifiera d'ailleurs Kin et Zaku pour ressuciter Shodaime et Nidaime dans son combat contre Sandaime.

Equipe Kabuto (Examen Chuunin)

Sensei : Jounin non nommé (probablement un sous-fifre d'Orochimaru)
Elèves : Yakushi Kabuto, Akado Yoroi et Tsurugi Misumi
Leader : Yakushi Kabuto
Village : Konoha (Oto en réalité)

Description : Ninjas d'Oto no kuni se faisant passer pour des genins de Konoha lors de l'examen Chuunin. Leur sensei est Orochimaru, ayant pris une autre apparence.
Leur participation à l'examen Chuunin consistait en fait à relever sur des cartes des informations sur les différents ninjas passant l'examen.
Kabuto signifiant "casque" (de samuraï), Tsurugi "épée" et Yoroi "armure", ils forment le trio "casque-épée-armure".

Les frères Démons

Sensei : Aucun
Membres : Gôzu et Meizu
Village : Kiri

Description : Deux chuunins de Kiri à la solde de Zabuza, chargés d'éliminer l'équipe 7 et Tazuna lors de sa mission aux pays des Vagues. Kakashi Sasuke se chargeront d'eux sans difficulté.
Ils combattent en ayant chacun dans une de leurs mains un gant de métal qui tient l'extrêmité d'un chaîne coupante empoisonnée.

Duo Zabuza - Haku

Membres : Zabuza et Haku
Leader : Zabuza
Village : Kiri

Description : Zabuza et Haku, Nukenins de Kiri no kuni, forment un redoutable duo. En effet, leur force réside avant tout dans les liens qui les unissent. Haku est entièrement dévoué à Zabuza et donnera d'ailleurs sa vie pour sauver son maître du Chidori de Kakashi, car Zabuza est celui qui l'avait recueilli, orphelin, alors qu'il errait seul dans Kiri. C'est la raison pour laquelle Haku pense qu'il lui doit la vie.
Ils mourront finalement côte à côte, sur le pont Naruto.

Equipe Shikamaru

Sensei : Aucun
Membres : Choji, Kiba, Naruto, Neji et Shikamaru
Leader : Shikamaru
Village : Konoha

Description : C'est cette équipe qui aura pour mission de ramener Sasuke, mais sur leur chemin ils seront confrontés à de dangereux adversaires à la solde d'Orochimaru !

Quatre du Son & Kimimaro

Sensei : Aucun
Membres : Kimimaro, Tayuya, Sakon/Ukon, Kidoumaru et Jiroubou
Leader : Kimimaro
Village : Oto

Description : Equipe terriblement puissante et sans-merci, sous la coupe d'Orochimaru. Bien qu'étant chuunins, ils réussissent à tenir tête à certains Anbus de Konoha lors de l'attaque du village de la Feuille par Oto no kuni. Ils portent tous le sceau d'Orochimaru.
Leur mission consistait à capturer Sasuke, convoité par Orochimaru pour son Sharingan. En revenant à Oto avec le jeune Uchiha, ils sont rattrapés par l'équipe Shikamaru dans la forêt, donnant lieu à 5 terribles duels. Les genins aidés par les genins de Suna auront finalement raison d'eux, mais non sans mal (tous à l'exception de Shikamaru finiront à l'hôpital, dans des états critiques).